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Docking Docking inverse Champagne Acides Nucléiques Peptides et Membranes

 

P3M

Biomolécule : Synthèse et Mécanismes d'Action

Le groupe BSMA est un groupe de 18 chercheurs permanents à vocation majoritairement expérimentale. Parmi eux, 3 permanents chercheurs  mettent en œuvre des outils de modélisation moléculaire couvrant un large spectre.
Ce groupe de 3 chercheurs œuvre de façon transversale au sein du groupe BSMA auquel il fournit un support théorique, tant interprétatif que prédictif. Animé par un professeur, il s’appuie fortement sur les moyens de calculs mis à disposition par l’URCA sous la forme du centre de calcul ROMEO dans lequel il est beaucoup impliqué. L’activité de ce groupe trouve aussi des ramifications dans les thématiques des autres groupes de l’ICMR.

Personnels impliqués :


C. Denhez,    MC  (Faculté de Pharmacie)
E. Henon,     Pr  (Faculté des Sciences)
H. Khartabil, MC  (IUT RCC site de Charleville-Mézières)

Doctorantes :


C. Barberot , 2010- (Faculté de Pharmacie + Faculté des Sciences)
« Conception orientée par modélisation moléculaire de molécules d’intérêt thérapeutique : exploitation du pharmacophore pyridazinone pour le traitement potentiel des maladies bronchopulmonaires »

 

M. Choumane, 2011- (IUT RCC site de Charleville-Mézières)
« Etude par modélisation moléculaire d’α-galactosylcéramides à visée thérapeutique, analogues du KRN 7000 »

N. T. Huynh, 2010-2013 (Faculté de Pharmacie, Pr D. Guillaume) « Nouvelle approche du traitement de l’emphysème ; Synthèse et activité biologique d’inhibiteurs de l’élastase neutrophile humaine »

 


Thématiques de recherche :

molécules d’intérêt biologique : molécules organiques, complexes ligand/protéine,  ADN

mécanismes et profils réactionnels

drug-design, VHTS
mécanismes de reconnaissance moléculaire
aide à l’identification structurale (NMR, ECD)
états excités


Expertise logiciels :


Gaussian, Gamess, Hondo, MOPAC
Molcas
CPMD
TopChem et TopMod (ELF, AIM)
AMBER
Méthodes QSPR
Suite Schrodinger
VMD, Chimera, Chemcraft, Molden

 

Développement de logiciels :


AlgoGen-CONFIIT (docking quantique)
Kisthep (thermodynamique, cinétique, théorie de l’état de transition, RRKM)


Collaborations :


J-C. Boisson (CReSTIC)
L. Angelo (CReSTIC)
G. Monard (SRSMC/CBT, Nancy)
M. Darabantu, (darabantu[at]cluj.astral.ro, University Babes-Bolyai Cluj-Napoca, Roumanie)
H. Gérard, J-P. Picquemal, O. Parisel (LCT Paris 6)
R. H. Dodd, K. Cariou, S. Gourdain (ICSN, Gif-sur-Yvette)

 

Anciens étudiants :


C. Coiffier
E. Thiriot
S. Canneaux

Du laboratoire à l’amphithéâtre : création de ressources numériques destinées à la pédagogie à partir de nos outils et résultats de recherche :

3DChem
WiiChem

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